- s -

• SanitiseUnknown() : hhalign_wrapper.c , hhalign_wrapper.h
• SeedSelection() : mbed.c
• SeqsAreAligned() : seq.c , seq.h
• SeqSwap() : seq.c , seq.h
• SeqToVec() : mbed.c
• SeqTypeToStr() : seq.c , seq.h
• SequentialAlignmentOrder() : clustal-omega.h , clustal-omega.c
• SetAutoOptions() : clustal-omega.c
• SetDefaultAlnOpts() : clustal-omega.h , clustal-omega.c
• SetDefaultHhalignPara() : hhalign_wrapper.c , hhalign_wrapper.h
• SetLeafId() : muscle_tree.c , muscle_tree.h
• SetLeafName() : muscle_tree.c
• ShuffleMSeq() : seq.c , seq.h
• SortAndTrackIndexCmpAsc() : util.c
• SortAndTrackIndexCmpDesc() : util.c
• SortMSeqByLength() : seq.c , seq.h
• SymMatrixGetValue() : symmatrix.c , symmatrix.h
• SymMatrixGetValueP() : symmatrix.h , symmatrix.c
• SymMatrixPrint() : symmatrix.h , symmatrix.c
• SymMatrixRead() : symmatrix.h , symmatrix.c
• SymMatrixSetValue() : symmatrix.h , symmatrix.c