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• LeafIndexToNodeIndex() : muscle_tree.c , muscle_tree.h
• ListDestroy() : list.h , list.c
• ListInit() : list.c , list.h
• ListInsertNext() : list.h , list.c
• ListRemoveNext() : list.c , list.h
• Log() : log.c , log.h
• LogCritical() : log.c
• LogDefaultSetup() : log.c , log.h
• LogError() : log.c
• LogFatal() : log.c
• LogForcedDebug() : log.c
• LogFuncOverwrite() : log.c , log.h
• LogGetFP() : log.c , log.h
• LogMute() : log.c , log.h
• LogMuteAll() : log.c , log.h
• LogSetFP() : log.c , log.h
• LogSetFPForAll() : log.c , log.h
• LogSqInfo() : seq.h , seq.c
• LogTree() : muscle_tree.c , muscle_tree.h
• LogVfprintf() : log.c
• LogWarn() : log.c