- a -

• AddSeq() : seq.c , seq.h
• Align() : clustal-omega.c , clustal-omega.h
• AlignmentOrder() : clustal-omega.h , clustal-omega.c
• AlignProfiles() : clustal-omega.c , clustal-omega.h
• AliStat() : seq.c , seq.h
• AlnOptsLogicCheck() : clustal-omega.h , clustal-omega.c
• AlnToHHMFile() : clustal-omega.c
• AlnToHMM() : clustal-omega.c
• AlnToHMMFile() : clustal-omega.c
• AppendBranch() : muscle_tree.c
• AppendTree() : muscle_tree.h , muscle_tree.c