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• PairDistances() : pair_dist.c , pair_dist.h
• PermutationArray() : util.h , util.c
• PrepareAlignment() : hhalign_wrapper.c
• PrintAlnOpts() : clustal-omega.h , clustal-omega.c
• PrintLongVersion() : clustal-omega.h , clustal-omega.c
• ProgressDone() : progress.c , progress.h
• ProgressLog() : progress.c , progress.h