- a -

• ALLOW_ONLY_PROTEIN : seq.c
• AMINOACID_ANY : seq.h
• APPLY_BG_HMM_UP_TO_TREE_DEPTH : hhalign_wrapper.c
• AVG : muscle_upgma.c

- c -

• CKCALLOC : util.h
• CKFREE : util.h
• CKMALLOC : util.h
• CKREALLOC : util.h
• CLUSTALO_LIST_HEAD : list.h
• CLUSTERING_UNKNOWN : clustal-omega.h
• CLUSTERING_UPGMA : clustal-omega.h
• COMPUTE_WITHIN_SUBCLUSTER_AVERAGE : mbed.c

- e -

• END_MARK : ktuple_pair.c

- f -

• FALSE : util.h
• FULL_WITHIN_CLUSTER_DISTANCES : mbed.c

- i -

• INDIRECT_HMM : clustal-omega.c
• INT_CLUSTALO_LIST_HEAD : list.h
• INT_LIST_APPEND : list.h
• INT_LIST_DATA : list.h
• INT_LIST_DESTROY : list.h
• INT_LIST_INIT : list.h
• INT_LIST_IS_HEAD : list.h
• INT_LIST_IS_TAIL : list.h
• INT_LIST_NEXT : list.h
• INT_LIST_PREPEND : list.h
• INT_LIST_SIZE : list.h
• INT_LIST_TAIL : list.h
• INT_QUEUE_DESTROY : queue.h
• INT_QUEUE_EMPTY : queue.h
• INT_QUEUE_INIT : queue.h
• INT_QUEUE_POP : queue.h
• INT_QUEUE_PUSH : queue.h

- l -

• LIST_APPEND : list.h
• LIST_DATA : list.h
• LIST_IS_HEAD : list.h
• LIST_IS_TAIL : list.h
• LIST_NEXT : list.h
• LIST_PREPEND : list.h
• LIST_SIZE : list.h
• LIST_TAIL : list.h
• log2 : mbed.c
• LOG_CRITICAL : log.h
• LOG_DEBUG : log.h
• LOG_ERROR : log.h
• LOG_FATAL : log.h
• LOG_FORCED_DEBUG : log.h
• LOG_INFO : log.h
• LOG_NUM_LEVELS : log.h
• LOG_VERBOSE : log.h
• LOG_WARN : log.h
• LOGLEVEL_THRESHOLD : progress.c

- m -

• MAX : muscle_upgma.c , util.h
• MAX_BUF_SIZE : symmatrix.c
• MIN : muscle_upgma.c , util.h

- n -

• NOTX : hhalign_wrapper.c
• NUCLEOTIDE_ANY : seq.h
• NUMBER_OF_SEEDS : mbed.c
• NUMRES : ktuple_pair.c

- p -

• PAIRDIST_KTUPLE : pair_dist.h
• PAIRDIST_SQUIDID : pair_dist.h
• PAIRDIST_SQUIDID_KIMURA : pair_dist.h
• PAIRDIST_UNKNOWN : pair_dist.h
• PRINT_CLUSTER_DISTRIBUTION : mbed.c
• PRINT_TAIL : clustal-omega.c

- q -

• QUEUE_DESTROY : queue.h
• QUEUE_EMPTY : queue.h
• QUEUE_INIT : queue.h
• QUEUE_POP : queue.h
• QUEUE_PUSH : queue.h

- s -

• SEED_SELECTION : mbed.c
• SEQTYPE_DNA : seq.h
• SEQTYPE_PROTEIN : seq.h
• SEQTYPE_RNA : seq.h
• SEQTYPE_UNKNOWN : seq.h
• SHUFFLE_INPUT_SEQ_ORDER : clustal-omega.c
• SORT_INPUT_SEQS : clustal-omega.c
• STR_EQ : util.h
• STR_NC_EQ : util.h

- t -

• TIMING : hhalign_wrapper.c , mbed.c
• TRACE : mbed.c , hhalign_wrapper.c , muscle_upgma.c

- u -

• USE_EUCLIDEAN_DISTANCE : mbed.c
• USE_KMEANS_LLOYDS : mbed.c
• USE_WEIGHTS : clustal-omega.h
• USEHHMAKE : clustal-omega.c
• USEHMMER : clustal-omega.c